2000年原卫生防疫站被人事部、卫生部、国家中医药管理局授予“全国卫生系统先进集体”
2001年原市卫生防疫站被卫生部授予“全国消灭脊髓灰质炎工作先进单位”
2006年被国家卫生部授予“全国结核病防治工作先进单位”
2003年9月由于在抗击非典工作中表现突出原市卫生防疫站被市委市政府授予“抗击非典先进单位” 1999年原莆田市卫生防疫站被福建省档案局授予“省一级档案管理单位” 2004年被莆田市爱国卫生运动委员会授予“2002-2004年度莆田市爱国卫生工作先进单位” 2008年福建省总工会授予“五一先锋号” 2020年中共福建省委、福建省人民政府授予“福建省抗击新冠肺炎疫情先进集体”